php.iniと.htaccessの関係について - PHPプロ！Q&A掲示板

どなたかサクラレンタルサーバーを使ったことがある方で分かる方いらっしゃいましたら、
ご解答おねがいします。

現在サクラレンタルサーバー（スタンダードコース）を使っているのですが、拡張子を.htmlでphpのコードを書いて動作をさせたく

下記サイトを参考にさせて頂き設定をしました。
http://ii2.matrix.jp/Junk/PHPSakura/index.html

.htmlでphpコードを書いて動作確認できたのですが、

その後、<?xml　～ ?>という記述でエラーをださない為に
サクラのコントロールパネルよりphp.iniの編集を行い

short_open_tag = Off

を記述し、<? ～ ?> の記述を禁止したかったのですが、そこでつまづいてしまいました。
php.iniに書いた事が適用されず<? ～ ?>がきいてしまいます。
しかし、.htaccessを削除し、phpファイルを作成して、<? ～ ?>を記述して
それを実行すると <? ～ ?>はきかなくなりphp.iniに書いた事が適用されます。

.htaccessには

DirectoryIndex index.html index.php .ht
Action myphp-script /php.cgi
AddHandler myphp-script .php .html

とだけ記述してあります。

.htaccessに書けばいいかと思い、
php_flag short_open_tag = Off　と書いたのですが、
サクラではこれはInternalServerErrorになるみたいですので、（マニュアルにもそう書いてありました。）
PHPの設定を.htaccessには記述できません。

.htaccessを削除してしまうと本来やりたかった.htmlでphpの記述ができなくなってしまいます。

なぜ.htaccessがphp.iniに影響するのかがわからないのですが、
どなたか分かる方いらっしゃいましたら、ヒントでもいいのでご教授下さい。
（サクラのレンタルサーバーではユーザー事個別にphp.iniファイルを生成して、
それを読み込んでくれます。）

環境は
FreeBSD
php-5.2.8
Apache/1.3.39
です。

本来ならばサーバー管理者に質問するべきなのですが、
「php.iniの項目の詳細についてはサポート対象外となります。」
という一文があったためこちらで質問させていただきました。