画像のアップロードシステムとは - PHPプロ！Q&A掲示板

http://www.phppro.jp/phpmanual/php/features.file-upload.html

参照してみて下さい。

大まかな流れとしましては
１．ユーザー側にファイルを選択してもらい、任意のファイルをアップロードさせる
２．アップロードしたファイルを、move_uploaded_file関数等でコピー（保存）させる。


とりあえず、まずユーザー側からファイルを選択し、アップロードするフォームを作ります。

1. <form action="upload.php" method="post" enctype="multipart/form-data">
2.   <input type="file" name="up" />
3.   <input type="submit" value="アップロード" />
4. </form>

仮にですが、こんな感じで。

次に、アップロードしたファイルを受け取り、処理をするphpを作る事になりますが、
えーと上の例で言うとupload.phpという名前になりますが、2行目の「typeにfileを指定したinputタグのname」が肝です。
ここではname="up"として、upという名前を使っています。
この場合、$_FILES['up']という変数に色々とアップロードされたファイルに関しての情報が格納されているのですが、
$_FILES['up']['tmp_name']の内容をコピーして残せばOKです。
（アップロードされたファイルというのは一時的に残りはするものの、即座に消えるので、消える前に任意の場所にコピーするような要領）

1. $uploadfile = "（ファイルを保存しておきたい場所のパス＆ファイル名）";
2. move_uploaded_file($_FILES['up']['tmp_name'], $uploadfile);

上のように書けば、$uploadfileで設定した場所、名前で保存されているはずです。

名前が重複すると困るでしょうから、ファイル名には現在時刻だったり固有IDだったりをうまく設定して工夫するといいと思います。